利用活性探针位点特异性鉴定核小体去泛素化酶

分享一篇发表在JACS上的文章，题目为“Development of Substrate-Directed Activity-Based Probes via Disulfide-Trapping for Site-Specific Interrogation of Nucleosomal Deubiquitination”，通讯作者是来自上海交通大学的艾华松副教授，他主要研究表观遗传修饰，以及清华大学秦为助理教授，他主要研究化学蛋白质组学策略和蛋白质的时空调控机制，以及清华大学刘磊教授，他主要研究蛋白质化学合成。这篇文章中作者利用活性探针寻找底物、位点特异性的核小体去泛素化酶。

泛素化是一种由E3连接酶调控，由去泛素化酶擦除的关键翻译后修饰，参与蛋白质降解、信号转导、DNA损伤修复等多种细胞过程。去泛素化酶通常包含催化性半胱氨酸残基，通过水解泛素-底物连接进行擦除。

基于活性的泛素探针在寻找去泛素化酶方面发挥了关键作用，但是无法分析去泛素化酶的底物和位点特异性信息，这些活性信息则受到染色体环境严格调控，因此具有重要的价值。在本文中，作者开发了一种基于二硫键机制的底物导向的活性探针，用于分析核小体的去泛素化酶。具体而言，作者首先在感兴趣的组蛋白亚基的特定位点引入二硫键反应弹头，然后通过半胱氨酸选择性共价捕获与之相互作用的去泛素化酶，通过交联质谱分析这一特定位点的去泛素化酶的身份。