有机催化使用主要由C，H，O，N，S和P组成的有机小分子来加速化学反应。有机催化剂的优点包括它们对水分和氧气缺乏敏感性，易得性，低成本和低毒性，与（过渡）金属催化剂相比，在生产医药中间体方面具有巨大的直接利益。

在Knoevenagel缩合的例子中 ，据信哌啶与羰基化合物形成反应性亚胺离子中间体：

另一种有机催化剂是DMAP，它可作为酰基转移剂：

Steglich酯化

噻唑鎓盐是多用途的粗蛋白试剂（酰基阴离子当量），例如在Stetter反应中得到应用 ：

所有这些有机催化剂都能够形成临时的共价键。其他催化剂可以形成H键，或参与π堆积和离子对相互作用（相转移催化剂）。可以为特定任务专门设计催化剂-例如，促进对映选择性转化。