在新药研发的早期阶段,分子砌块(Building Blocks)的质量和多样性直接决定了筛选命中率与先导化合物优化效率。一个设计合理的分子砌块库,能够为药物化学家提供丰富的"乐高积木",加速从苗头化合物到先导化合物的迭代过程。本文从库设计原则、合成策略到供应方案,系统介绍纳孚生物的分子砌块定制合成服务。
一、分子砌块在新药研发中的价值
1.1 什么是分子砌块?
分子砌块是指带有反应性官能团(如氨基、羧基、卤素、硼酸/酯、醛基等)、可直接用于偶联反应构建更大分子的结构片段。它们是组合化学和并行合成的基本单元。
1.2 分子砌块的分类

二、分子砌块库设计原则
2.1 多样性导向设计
高质量的分子砌块库应具备以下多样性维度:
骨架多样性:涵盖不同杂环核心(吲哚、吡唑、嘧啶、喹啉等)
官能团多样性:每个骨架提供多种反应性官能团变体
立体化学多样性:提供手性纯砌块(R型和S型)
物理化学性质多样性:覆盖不同的logP、MW、PSA范围
新颖性:避免与商业库高度重叠,提供结构新颖的独特砌块
2.2 类药性考量
根据Lipinski五规则和Veber规则,分子砌块应满足:
2.3 靶向库设计
针对特定药物类别设计专属砌块子库:
激酶抑制剂砌块库:嘌呤/嘧啶类似物、杂环并环骨架、铰链区结合片段
PROTAC砌块库:E3配体衍生物(CRBN、VHL配体)、连接子片段、靶标配体
ADC连接子砌块库:Val-Cit-PAB、MC-VCit-PABC、可裂解/不可裂解连接子前体
共价药物砌块库:丙烯酰胺、氯乙酰胺、磺酰氟、氰基丙烯酰胺等亲电弹头
多肽药物砌块库:非天然氨基酸、N-甲基氨基酸、D型氨基酸
三、合成策略
3.1 并行合成
利用自动化合成平台,同时进行数十至数百个砌块的合成:
液相并行合成:适用于2-4步反应的砌块
固载试剂/清除树脂:简化后处理,提高通量
微波辅助合成:将反应时间从小时缩短至分钟
3.2 关键反应类型
3.3 质量标准
纯度:≥95%(HPLC)
结构确认:¹H NMR + LC-MS
残留溶剂:符合ICH Q3C指南
稳定性:提供储存条件建议和稳定性数据
批次一致性:建立标准化合成SOP
四、凯康镁科技的分子砌块定制服务
4.1 服务模式
4.2 技术能力
合成规模:10 mg - 100 g(可扩展至kg级)
反应类型:涵盖Suzuki、Buchwald、Sonogashira、酰胺缩合、点击化学等主流反应
杂环合成:吲哚、吡唑、嘧啶、喹啉、苯并咪唑等50+杂环骨架
手性合成:不对称催化、手性拆分、手性源合成
纯化能力:制备型HPLC、Flash色谱、重结晶
分析表征:NMR(¹H、¹³C)、LC-MS、HPLC、IR、元素分析
4.3 交付内容
每个砌块交付包含:
化合物样品(纯度≥95%)
分析报告(HPLC色谱图、MS谱图、NMR谱图)
结构确认报告
安全数据表(MSDS)
储存与处理建议
五、案例:PROTAC专属砌块库
以PROTAC药物研发为例,纳孚生物可提供的专属砌块包括:
E3连接酶配体片段:
CRBN配体:泊马度胺、来那度胺衍生物
VHL配体:VH032类似物及衍生物
cIAP配体:Bestatin类似物
连接子片段:
PEG连接子:PEG2-PEG12不同链长
烷基连接子:C3-C12不同碳链
可裂解连接子:Val-Cit、Val-Ala、SS键
点击化学连接子:DBCO-PEG、Azide-PEG
靶标配体片段:
激酶抑制剂片段
受体拮抗剂片段
核受体配体片段
六、服务优势
快速交付:常规砌块2-3周,加急1周
灵活规模:从10 mg筛选到kg级生产
质量保障:每批附带完整分析报告
定制设计:可根据客户需求设计专属砌块库
一站式服务:从砌块合成到生物素标记、荧光标记全覆盖
保密协议:严格保护客户知识产权
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